Церковно-исторический музей на Святом источникесостоит из небольших, но современных выставочных залов прямо непосредственно под храмом Новомучеников, коллекцией экспонатов и нескольких интерактивных систем, созданных для образовательной, просветительской деятельности в деле увековечивании памяти о всех невинно пострадавших в годы гонений и репрессий.

На более чем 20 стендах в научно-популярном стиле рассказывается о печальных страницах гонения на Русскую Церковь, о возникновении системы ГУЛАГ, о лагерях СибЛАГа, об Искитимском штрафном лагере, о его узниках и подвиге новомучеников.

Экспонаты музея, сведения о репрессированных в Новосибирской области собирались в процессе реализации проекта. С 2003 года приходом «Живоносный Источник» начался плановый сбор документов и предметов музейного значения. В 2017 году Искитимской епархией прихода РПЦ был объявлен сбор экспонатов и сведений, связанных с репрессиями в нашей области.

В пяти выставочных залах и вестибюле демонстрируется более 100 предметов и документов, специальные макеты, информационные планшеты. В одном из залов воссоздана камера изолятора для заключенных. Среди уникальных экспонатов личные вещи священномученика Новосибирского Николая Ермолова, переданные внуками святого; фотографии и архивные документы, переданные в 2009 году Новосибирской епархии из архива УФСБ РФ по НСО из личных дел репрессированного духовенства.